AMD u združenoj borbi protiv COVID-19
Nastavljajući borbu u opće društvenom cilju pronalaženja uspješne terapije za pandemiju virusa COVID-19, AMD je donirao svoje moćne proračunske akceleratore Radeon Instinct obitelji nacionalnom laboratoriju Lawrence Livermore.
Nakon instalacije novih Radeon Instinct MI50 akceleratora, superračunala koja su dio "COVID-19 HPC-a", udvostručit će svoje performanse na više od 4,5 PetaFLOPS-a.
Dodavanje AMD-ovih Radeon Instinct MI50 akceleratora će drastično ubrzati vrijeme zahtjevnih molekularnih izračuna utemeljenih na laboratorijskim analizama usmjerenih na analizu samog virusa i na to kako uništiti stanice u ljudskom tijelu, kao i na potencijalna antitijela koja mogu suzbiti virus i stvoriti imunitet.
Inače, naziv superračunala koja će ubrzati moćni AMD-ovi akceleratori je "Corona", a proizvođač Penguin Computers tako ga je nazvao zbog pomrčine Sunca koja je bila aktualna 2017. godine, kada se sustav počeo sastavljati.
AMD Instinct MI50 serverski akceleratori su za dubinsko učenje velikih razmjera i isporučuju do 26,5 TeraFLOPS pune polovične preciznosti ili do 13,3 TeraFLOPS-a jednostruke preciznosti u proračunima s pomičnim zarezom u kombinaciji s 32 GB HBM2 memorije.
COVID-19 konzorcij ima sedam superračunala posvećenih borbi protiv novog virusa, a "Corona", opremljena novim AMD Radeon Instinct MI50 akceleratorima, bit će najbrža.
Koristeći prvu takvu platformu za virtualni screening koja kombinira eksperimentalne podatke sa strojnim učenjem, strukturalnom biologijom, bioinformatičkim modeliranjem i molekularnim simulacijama visoke vjernosti, tim istraživača LLNL-a iskoristio je superračunalo "Corona" za procjenu dizajniranih antitijela koja bi mogla poboljšati interakciju vezivanja sa SARS-CoV-2 antigen proteinom.
Time je smanjio listu kandidata za antitijela na otprilike 20% mogućnosti i počeo istraživanje dodatnih antitijela. Istraživači vjeruju da će nadogradnja udvostručiti broj računalno zahtjevnih simulacija koje izvode, čineći ih vjerojatnijim za otkrivanje učinkovitog dizajna antitijela.
Znanstvenici i biolozi jednako tako koriste superračunalo "Corona" za ispitivanje milijuna malih molekula koje bi mogle imati antivirusna svojstva sa SARS-CoV-2. Povećanje brzine i performansi "Corona" superračunala, omogućit će istraživačima dodatna, vrlo detaljna izračunavanja molekularne dinamike kako bi bolje procijenili potencijalna ciljna mjesta SARS-CoV-2 za male molekularne inhibitore koji bi mogli spriječiti infekciju ili liječiti COVID-19.